Sau khi chế độ Cộng sản sụp đổ vào năm 1989, thị trường mở cửa, Kofola phải cạnh tranh với nhiều thương hiệu nước ngoài. Sau một thời gian sa sút với nhiều vụ kiện về nhãn hiệu, năm 2000 , công ty Santa nápoje, thuộc sở hữu của gia tộc Samaras - một gia tộc có gốc Hy Lạp- đã trở thành nhà sản xuất và phân phối duy nhất của Kofola ở Cộng hòa Séc và Slovakia.[2] Các nhà sản xuất đồ uống giải khát tương tự khác đã phải đổi tên sản phẩm của họ, trong đó đáng chú ý nhất là nước giải khát Hejkola và Šofocola của Slovakia.

Công ty Santa nápoje ban đầu chỉ sản xuất thức uống Kofola tại nhà máy chính ở Krnov. Năm 2002, công ty cho xây dựng thêm một nhà máy mới tại Rajecká Lesná, Slovakia, nhằm đáp ứng nhu cầu của thị trường Slovakia.

Năm 2003, công ty Santa nápoje đổi tên thành Kofola, và sau đó tiếp tục đổi tên thành Kofola ČeskoSlovensko.[3] Ngoài Kofola, công ty còn sản xuất các loại nước giải khát khác như nước suối Rajec, nước trái cây tươi UGO, siro Jupí và đồ uống dành cho trẻ em Jupík, nước uống nho Vinea, trong số đó có các loại nước được xuất khẩu sang Ba Lan, Hungary, Slovakia và Croatia.

Năm 2008 Kofola thông báo sáp nhập với nhà sản xuất nước chanh Hoop của Ba Lan.[4] Vào mùa thu năm 2008, Quỹ Đầu tư Cổ phần Tư nhân Enterprise Investors của Ba Lan đã mua lại 42,46% cổ phần của Kofola-Hoop với giá khoảng 140 triệu euro.[5] Năm 2009, công ty Ba Lan Kofola-Hoop S.A. được đổi tên thành Kofola S.A.

Vào tháng 4 năm 2009, Kofola mua lại Pinelli. Công ty mở rộng sản xuất thêm nước tăng lực Semtex. Năm 2010, Kofola mở một nhà máy mới ở Mnichovo Hradiště. Vào tháng 12 năm 2014, Kofola mua lại nhà máy nước khoáng Radenska của Slovenia.[6]